Trong kế hoạch chiến lược của mình hiện nay, trường tập trung (1) đổi mới chương trình đào tạo theo hướng hội nhập và đảm bảo chất lượng đào tạo theo chuẩn khu vực, nâng tầm các trung tâm nghiên cứu khoa học và mở rộng mạng lưới phục vụ cộng đồng; (2) mở rộng và cải thiện cơ sở vật chất, môi trường học tập và sinh hoạt của sinh viên, học viên, giảng viên và toàn thể cán bộ nhân viên nhà trường; và đặc biệt là (3) tập trung triển khai xây dựng một nền tảng quản trị đại học theo hướng tự chủ và có trách nhiệm giải trình, tạo tiền đề cho sự phát triển hơn nữa của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh trong tương lai.