Sứ mạng của Trường Đại học Nam Cần Thơ là đào tạo nguồn nhân lực chất lượng và phù hợp với nhu cầu xã hội, theo hướng ứng dụng trong các lĩnh vực sức khỏe, kinh tế-xã hội, kỹ thuật-công nghệ và nghiên cứu khoa học nhằm phục vụ cho sự nghiệp phát triển kinh tế-xã hội của Khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long và các tỉnh phía Nam.