Trường Tiểu học Thực hành Sư phạm Phan Đình Phùng có 3 cơ sở: Cơ sở 1 tọa lạc tại số 491/7 đường Nguyễn Đình Chiểu, Phường 2, Quận 3 với cấu trúc 1 trệt 2 lầu hình chữ L; Cơ sở 2 tọa lạc tại số 491/16 đường Nguyễn Đình Chiểu, Phường 2, Quận 3 với cấu trúc 1 trệt 3 lầu hình chữ L và Cơ sở 3 tọa lạc tại số 491/5/1 đường Nguyễn Đình Chiểu, Phường 2, Quận 3 với cấu trúc 1 trệt. Trường được thành lập vào năm 1958. Năm 2003, trường sáp nhập Trường thực hành sư phạm cấp 1 và đổi tên thành Trường Tiểu học Thực hành sư phạm Phan Đình Phùng trực thuộc Ủy ban nhân dân Quận 3 theo Quyết định số 3401/QĐ-UB ngày 19 tháng 8 năm 2003 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.

Sự thay đổi, cải tạo theo thời gian. Trường được đầu tư xây dựng cơ sở mới (cơ sở 2) với tổng kinh phí khoảng gần 5 tỷ đồng và đưa vào hoạt động từ ngày 05 tháng 9 năm 2002 Trường có tổng diện tích 4713,3m2 với quy mô 3 cơ sở. Tổng cộng gồm có 47 phòng học và các phòng chức năng. Mỗi phòng có diện tích từ 56m2 thoáng mát, đảm bảo ánh sáng, được trang bị đầy đủ bàn ghế đúng kích thước phù hợp với tầm vóc của học sinh. Diện tích còn lại dành cho việc trồng cây xanh, sân chơi. Bên cạnh đó, trường còn chú trọng việc xây dựng môi trường học thân thiện, hiện đại. Nhà trường đã tổ chức các hoạt động rèn kỹ năng sống cho học sinh vào buổi học thứ hai, hình thành nhân cách, phát triển năng khiếu của học sinh. Tổ chức sinh hoạt truyền thống, giao lưu với người đương thời, lễ hội, tham quan dã ngoại, công tác từ thiện,… được thầy và trò tích cực tham gia. Nổi bật nhất là phong trào thể dục thể thao, nhà trường đã đạt nhiều huy chương cấp quận, cấp thành phố, cấp Quốc gia.