Ngày 10/8/2001 UBND huyện An Minh ban hành Quyết định số 162/2001/QĐ-UB về việc thành lập Trường THCS Vân Khánh 1 và bổ nhiệm Ông Võ Hồng Phúc giữ chức vụ Hiệu trưởng (hiện nay Ông Võ Hồng Phúc là Hiệu trưởng Trường THCS Đông Hưng A, huyện An Minh), Ông Châu Thành Phúc giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng (hiện nay Ông Châu Thành Phúc chuyển công tác về quê ở Thành phố Mỹ Tho, tỉnh Tiền Giang). Nhân sự tại thời điểm này có 14 đồng chí. Cơ sở vật chất gồm có 06 phòng học được xây dựng năm 1992, không có phòng chức năng.

Ngày 25/8/2003 UBND huyện An Minh ban hành Quyết định số 164/2003/QĐ-UB về việc đổi tên Trường THCS Vân Khánh 1 thành Trường THCS Vân Khánh và bổ nhiệm Ông Võ Hồng Phúc giữ chức vụ Hiệu trưởng, Ông Cao Thanh Hùng giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng (hiện nay Ông Cao Thanh Hùng là Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Kiên Giang) và Ông Châu Thành Phúc giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng. Nhân sự tại thời điểm này có 32 đồng chí. Cơ sở vật chất có 15 phòng học gồm 06 phòng được xây dựng năm 1992; 06 phòng được xây dựng năm 2002 và 03 phòng xây dựng năm 2003. Số phòng dùng tổ chức dạy học là 12 phòng số còn lại bố trí làm phòng chức năng. Diện tích đất sử dụng của trường là 4.677,5m2, do ông Phan Thành Thiện hiến và chuyển nhượng.

Ngày 01/9/2005 UBND tỉnh Kiên Giang ban hành Quyết định số 1802/QĐ-UBND về việc thành lập Trường THPT Vân Khánh trên cơ sở nâng cấp từ Trường THCS Vân Khánh, bổ nhiệm Ông Cao Thanh Hùng giữ chức vụ Hiệu trưởng, Ông Huỳnh Văn Ráo và Ông Lê Văn Út cùng giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng (Ông Lê Văn Út hiện nay công tác tại Trường Tiểu học và Trung học cơ sở Vân Khánh Tây). Nhân sự tại thời điểm này là 37 đồng chí.

Do yêu công tác nên nhân sự có thay đổi: Ông Cao Thanh Hùng được điều động giữ chức vụ Phó Trưởng phòng Giáo dục và Đào tạo An Minh. Ông Trần Văn Thắm được điều động từ Phòng Giáo dục và Đào tạo đến giữ chức vụ Hiệu trưởng vào tháng 8/2006. Tháng 9/2008 Ông Lê Văn Út được điều đến nhận nhiệm vụ tại Trường THCS Vân Khánh Tây. Tháng 12/2008 Sở Giáo dục Đào tạo Kiên Giang bổ nhiệm Ông Nguyễn Văn Buốl giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng thay Ông Lê Văn Út. Tháng 01/2010 Sở Giáo dục và Đào tạo điều động Ông Trần Văn Chẳm từ Trường THPT Nguyễn Văn Xiện đến giữ chức Hiệu trưởng đến tháng 7/2016 (Ông Trần Văn Chẳm hiện nay là Trưởng phòng Giáo dục và Đào tạo An Minh). Tháng 8/2016 Ông Nguyễn Văn Lĩnh được điều động từ Trường THPT An Minh đến giữ chức vụ Hiệu trưởng đến tháng 8/2018 nghỉ hưu theo chế độ. Tháng 9/2018 Ông Phạm Thanh Liêm được điều động từ Văn phòng HĐND và UBND huyện An Minh đến giữ chức vụ Hiệu trưởng cho đến nay. Nhân sự tại thời điểm này là 45 đồng chí và 02 nhân viên hợp đồng; cơ sở vật chất hiện tại gồm có 23 phòng học, 06 phòng học bộ môn, 10 phòng chức năng; tổng diện tích đất sử dụng 33.175m2.

Ngày 18/8/2020 UBND tỉnh Kiên Giang ban hành Quyết đinh số 1942/QĐ-UBND về việc đổi tên các Trường Trung học phổ thông có hai cấp học và Trường Phổ thông dân tộc nội trú trên địa bàn tỉnh Kiên Giang. Theo đó Trường THPT Vân Khánh được đổi thành Trường THCS và THPT Vân Khánh.

Từ khi thành lập đến nay trường đã qua 04 lần đổi tên, nhà trường đã từng bước được củng cố và kiện toàn và nâng cao chất lượng, hiệu quả giáo dục và đào tạo nâng lên được sự đánh giá cao của xã hội. Các tổ chức đoàn thể hoạt động nhịp nhàng và có hiệu quả. Các danh hiệu đơn vị văn hoá, chi bộ trong sạch vững mạnh đều được giữ vững. Quy chế dân chủ trong trường học được thực hiện tốt, nội bộ thật sự là khối đại đoàn kết thống nhất quyết tâm thực hiện thắng lợi các chỉ tiêu, nghị quyết của ngành, của trường từng năm học góp phần đưa sự nghiệp giáo dục ngày càng phát triển.