Trường được thành lập từ năm 1981, với tên gọi trường Chuyên Văn – Toán Thị xã Hà Đông. Năm 1986 – 1987, trường sáp nhập với trường cấp 1, 2 Cần Thơ thành trường Chuyên Cần Thơ. Năm học 1994 – 1995, trường được đổi tên thành Chuyên Lê Lợi và nay là THCS Lê Lợi.

Ngay trong những ngày đầu tiên thành lập, nhà trường đã xác định đúng mục tiêu đào tạo của trường là dạy chữ, dạy người. Vì vậy, nhà trường luôn luôn coi trọng việc giáo dục toàn diện cho học sinh, không những chăm lo giảng dạy tốt mà còn tổ chức nhiều hoạt động: văn hóa, văn nghệ, TDTT, hoạt động ngoài giờ lên lớp và hướng nghiệp dạy nghề. Ngoài ra, trường còn tham gia hoạt động xã hội, từ thiện…

Trải qua gần 30 năm hình thành và phát triển, bằng ý chí, nghị lực, lương tâm và trách nhiệm, luôn hoàn thành nhiệm vụ trăm năm trồng người, nhà trường đã đào tạo được nhiều thế hệ học sinh xuất sắc.