Trường THPT Vân Nội được thành lập từ tháng 9 năm 1965. Do cuộc chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, Trường cấp II, III Đông Anh tách ra chuyển về xã Vân Nội – huyện Đông Anh – thành phố Hà Nội và được mang tên Trường cấp III Đông Anh B. Năm học 1971 – 1972, Trường cấp III Đông Anh B được đổi tên là Trường cấp III Vân Nội,nay là trường THPT Vân Nội.
. Trường THPT Vân Nội nhiều năm liền được công nhận là trường tiên tiến, Công đoàn vững mạnh, Phong trào Đoàn thanh niên cộng sản Hồ Chí Minh luôn đạt tiên tiến xuất sắc.Với phương châm CHẤT LƯỢNG GIÁO DỤC LÀ DANH DỰ CỦA NHÀ TRƯỜNG, tập thể sư phạm luôn quyết tâm xây dựng THPT Vân Nội trở thành cơ sở giáo dục uy tín ở cửa ngõ phía bắc của Thủ đô!