Chức năng của Nhà trường là: Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, hạ sĩ quan chỉ huy, nhân viên chuyên môn kỹ thuật Đặc công theo yêu cầu, nhiệm vụ cấp trên giao và nghiên cứu, ứng dụng, phát triển Khoa học Nghệ thuật Quân sự Đặc công, các lĩnh vực liên quan đến tác chiến Đặc công và Khoa học giáo dục – đào tạo quân sự.