Chương trình bậc THPT tại Hoa Sen chú trọng rèn luyện cho học sinh các phương pháp học tập tích cực, trang bị những kỹ năng sống cần thiết, cách thức giải quyết vấn đề. Đặc biệt tại bậc THPT Hoa Sen tập trung xây dựng cho học sinh nền tảng vững chắc về kiến thức cho bậc Đại học