Trường THPT Lê Hồng Phong thành lập theo quyết định số 1530/QĐ-UBND ngày 30 tháng 6 năm 2009 của UBND Tỉnh Khánh Hòa. Chính thức đi vào hoạt động giảng dạy năm học 2009 – 2010 với số học sinh ban đầu là 311 em / 7 lớp.

Trường tọa lạc trên địa bàn xã Vạn Hưng-huyện Vạn Ninh-tỉnh Khánh Hòa, cách thị trấn Vạn Giã khoảng 4km về phía Nam. Địa bàn tuyển sinh của trường ban đầu chủ yếu gồm 3 xã phía nam huyện Vạn Ninh (Vạn Hưng, Vạn Lương, Xuân Sơn), đến năm 2017, trường tuyển sinh ở hầu hết các xã trong địa bàn huyện. Năm học 2017-2018, tổng số cán bộ, giáo viên, công nhân viên có 63 người (trong đó có 3 các bộ quản lý, 51 giáo viên, 9 công nhân viên). Trường có 5 tổ chuyên