Trường THPT Nguyễn Thị Minh Khai là cơ sở giáo dục công lập trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo, thuộc vùng KT-XH đặc biệt khó khăn; tổ chức và hoạt động theo Điều lệ trường trung học cơ sở, trường trung học phổ thông và trường phổ thông có nhiều cấp học, ban hành kèm theo Thông tư số: số 32/2020/TT-BGDĐT ngày 15/9/2020 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo và các văn bản hiện hành.