Trường THPT Tân Phú Trung được thành lập và đi vào hoạt động chính thức từ năm học 2013-2014. Nhà trường tọa lạc tại ấp Tân Thuận, xã Tân Phú Trung, huyện Châu Thành, tỉnh Đồng Tháp. Thời gian đầu (Học kỳ I, năm học 2013-2014), nhà trường chưa có cơ sở chính thức phải mượn 04 phòng học của Trường THCS để học tạm, gặp rất nhiều khó khăn, đến ngày 06/01/2014 nhà trường dời về cơ sở chính thức như hiện nay.