Trong xu thế phát triển giáo dục của tỉnh Đồng Tháp, trường THPT Trần Quốc Toản được thành lập vào ngày 20 tháng 09 năm 1997 theo Quyết định số 142/QĐ.UB-TL của Chủ tịch UBND tỉnh. Tiền thân từ trường cấp II Phường 11, được sát nhập và nâng cấp thành trường cấp II- III nên khởi điểm ban đầu còn gặp nhiều khó khăn. Trường được cất bằng tranh tre nứa lá, thiếu thốn về cơ sở vật chất so với nhu cầu học tập của học sinh và đội ngũ giáo viên. Tuy vậy, đến năm 2000, được sự quan tâm của lãnh đạo UBND tỉnh, các cơ quan ban ngành các cấp và Sở Giáo dục- Đào tạo Đồng Tháp, nhà trường đã được xây dựng ở một địa điểm mới tọa lạc trên đường 30/4(nay là đường Nguyễn Chí Thanh), thuộc địa bàn Phường 11 với hơn 4,1 ha có khuôn viên khang trang, sạch, đẹp.