Trong xu thế phát triển giáo dục của tỉnh Đồng Tháp, trường THPT Trần Quốc Toản được thành lập vào ngày 20 tháng 09 năm 1997 theo Quyết định số 142/QĐ.UB-TL của Chủ tịch UBND tỉnh. Tiền thân từ trường cấp II Phường 11, được sát nhập và nâng cấp thành trường cấp II- III nên khởi điểm ban đầu còn gặp nhiều khó khăn. Trường được cất bằng tranh tre nứa lá, thiếu thốn về cơ sở vật chất so với nhu cầu học tập của học sinh và đội ngũ giáo viên. Tuy vậy, đến năm 2000, được sự quan tâm của lãnh đạo UBND tỉnh, các cơ quan ban ngành các cấp và Sở Giáo dục- Đào tạo Đồng Tháp, nhà trường đã được xây dựng ở một địa điểm mới tọa lạc trên đường 30/4(nay là đường Nguyễn Chí Thanh), thuộc địa bàn Phường 11 với hơn 4,1 ha có khuôn viên khang trang, sạch, đẹp.

Hiện tại năm học 2018-2019, trường có 32 lớp với hơn 1200 học sinh. Đội ngũ cán bộ, giáo viên và nhân viên là 87, trong đó 04/02 nữ CBQL, có 73 giáo viên giảng dạy trực tiếp và 10 nhân viên. Trường có 100% giáo viên đạt chuẩn, trong đó có 21 giáo viên trên chuẩn (28,76%). Trường có 8 tổ chuyên môn gồm: Tổ Ngữ văn, Sử-Địa-GDCD, Ngoại ngữ, Toán, Lý, Hóa-Sinh-KTNN, Tin – CN, TD-QPAN và 01 tổ Văn phòng, có 01 Đảng bộ với 40 đảng viên, nhiều năm liền được công nhận Đảng bộ trong sạch vững mạnh. Các tổ chức Công đoàn, Đoàn thanh niên, Hội chữ thập đỏ, HLHTN, Hội khuyến học đều hoạt động tích cực, góp phần cùng nhà trường hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.