Trường THPT Ngô Quyền được thành lập từ năm 1956 đến nay, trường có đủ bộ máy tổ chức và quản lý theo quy định của Điều lệ trường Trung học. Chi Bộ và nhà trường chấp hành nghiêm các chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của nhà nước, của địa phương; sự lãnh đạo, chỉ đạo của cơ quan quản lý giáo dục các cấp; đảm bảo quy chế thực hiện dân chủ trong hoạt động của nhà trường, thực hiện đúng quy định về quản lý tài chính, tài sản.
Các tổ chuyên môn và văn phòng được thành lập và đi vào hoạt động có nề nếp, các tổ trưởng CM là những giáo viên có kinh nghiệm và uy tín trong chuyên môn nên việc điều hành hoạt động trong Tổ dễ dàng đạt hiệu quả. Sĩ số học sinh từng lớp theo chuẩn, thực hiện tốt các phong trào thi đua trong HS.
Việc quản lý hành chính được tổ chức hợp lý, gọn nhẹ, hiệu quả.