Trường THPT Nguyễn Bỉnh Khiêm ngày nay với tên gọi ban đầu là trường PTTH Châu Thành được thành lập vào ngày 15/08/1983, gồm 2 phân hiệu: ở Cần Đăng và ở Quản Cơ Thành, đến năm học 1985-1986 nhập lại thành một điểm tại vị trí hiện nay, cặp quốc lộ 91, ấp Hòa Long 3, thị trấn An Châu, huyện Châu Thành, tỉnh An Giang.

Năm 1991 có sáp nhập Cấp 2 An Châu vào.

Đến năm học 1995-1996 đổi tên thành trường Trung học Nguyễn Bỉnh Khiêm theo quyêt định số 734/QĐUB.TC, ngày 30/08/1995 của UBND tỉnh An Giang

Sang năm học 2000-2001 lại đổi tên thành trường THPT Nguyễn BỈnh Khiêm theo quyết định số 2612/QĐ-UB-TC, ngày 28/12/2000 và tách Cấp 2 An Châu ra.

Vào năm học 2008-2009 lại sáp nhập thêm trường THPT bán công Tiến Đức vào theo quyết định số 1423/QĐ-UBND, ngày 22/07/2008 của UBND tỉnh An Giang.

Nhà trường đã trải qua 6 thời kỳ lãnh đạo của Hiệu trưởng. Hiệu trưởng hiện nay là cô Ngô Thị Kiều Huệ, nhận nhiệm vụ từ ngày 01/12/2017.

Trong suốt thời gian qua, nhà trường đã có bước phát triển mạnh mẽ về nhiều mặt. Cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ dạy học được tăng cường. Đội ngũ CBQL, GV, NV đảm bảo số lượng và cơ cấu. Tổ chức và hoạt động luôn được quan tâm đổi mới, đã tạo sự chuyển biến đáng kể về chất lượng và hiệu quả giáo dục.