Trường được thành lập ngày 19 tháng 8 năm 1993, theo quyết định thành lập trường có tên là trường phổ thông cấp 2-3 Nguyễn Bỉnh Khiêm do nhà giáo dục – tiến sỹ Nguyễn Văn Hòa làm chủ. Từ năm 2005 Sở giáo dục Hà Nội thống nhất đổi tên thành trường Trung học phổ thông Dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm và theo quyết định số 218/ QĐ-UBND ngày 13 tháng 1 năm 2011 của UBND thành phố Hà Nội, trường THPT dân lập Nguyễn Bỉnh Khiêm được chuyển đổi từ loại hình trường dân lập sang loại hình trường tư thục, có tên là trường THCS&THPT Nguyễn Bỉnh Khiêm – Cầu Giấy gồm 2 cấp: Trung học cơ sở và Trung học phổ thông, dạy học sinh từ lớp 6 đến lớp 12.