Trường THPT Phan Chu Trinh được thành lập ngày 26/08/1994, với tên là trường cấp 2-3 Cư Jút, năm 2002 trường đổi thành trường THPT Cư Jút, năm 2007 lại được đổi tên trường THPT Phan Chu Trinh – Cư Jút – Đăk Nông.

Trường thuộc địa bàn Tây Nguyên có địa bàn hoạt động rộng, nhiều đồi núi, việc đi lại của con em gặp nhiều khó khăn, an ninh, chính trị trên địa bàn phức tạp, địa bàn đa dân tộc cũng ảnh hưởng không ít đến việc dạy chữ, dạy người, tuy vậy trong những năm qua dưới sự giúp đỡ của lãnh đạo của các cấp chính quyền, sự quan tâm của Sở Giáo dục và Đào tạo; tập thể cán bộ giáo viên luôn nỗ lực, vượt khó đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.

Từ một trường THPT đầu tiên của huyện, đến nay đã tách và thành lập thêm 2 trường THPT là THPT Phan Bội Châu, THPT Nguyễn Bỉnh Khiêm.

Trường cũng là môi trường trưởng thành của nhiều thế hệ học sinh và Thầy Cô. Nhiều cựu học sinh của nhà trường hiện nay là giáo viên cốt cán, cán bộ quản lý trên địa bàn huyện Cư Jút. Nhiều cựu Thầy Cô của nhà trường hiện nay đang là lãnh đạo cấp Sở, đặc biệt thầy Nguyễn Văn Toàn giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo Đăk Nông nguyên là hiệu trưởng Nhà trường.