Trường Tiểu học Kim Liên được khởi công xây dựng cùng với khu tập thể Kim Liên từ năm 1960. Trường chính thức được đưa vào sử dụng vào ngày 17/03/1961 với cơ sở vật chất gồm 17 phòng học mái ngói nằm trong khuôn viên 20.000 m2, bao gồm cả phần diện tích sân vận động thể dục thể thao và diện tích trường PTCS Nguyễn Trường Tộ (nay là địa điểm của Phòng Giáo dục quận Đống Đa).Được nhà nước tặng thưởng Huân chương cao quý: Huân chương Lao động hạng Ba, Huân chương Lao động hạng Nhì và Huân chương Lao động hạng Nhất.

– Lá cờ đầu ngành Giáo dục Thủ đô.

– Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ.

– Liên tục là trường Tiên tiến xuất sắc của Thành phố.

– Là đơn vị dẫn đầu trong phong trào “Giáo viên giỏi – Học sinh giỏi xuất sắc” của Quận và Thành phố.

– Liên tục nhận giấy khen “Chi Bộ trong sạch vững mạnh”.

– 4 năm liên tục đạt danh hiệu Công đoàn xuất sắc cấp Quận và Thành phố (năm học: 2007 – 2008; 2008 – 2009; 2009 – 2010; 2010 – 2011). Được Công đoàn Giáo dục Việt Nam tặng bằng khen: “Có thành tích xuất sắc trong hoạt động Công đoàn”.

– Liên tục là Liên đội mạnh xuất sắc cấp Thành phố.