Trường PTTH Lê Quý Đôn được thành lập ngày 29/08/1999, do thầy Đào Mạnh Thảo làm hiệu trưởng. Lúc ấy trường vô cùng khó khăn, thiếu phòng học nghiêm trọng , GV và HS phải dạy và học cả ở nhà xe, giữa bụi đất và tiếng ồn ào của xe cộ